О базе

О базе

METAVERSE -- база знаний по молекулярно-генетическим взаимодействиям.

В базе собраны взаимодействия между генами, белками, микроРНК, РНК, длинными некодирующими РНК и псевдогенами.

База знаний включает в себя данные о взаимодействиях основных типов биомолекул участвующих в процессах канwерогенеза или ассоциированные с ними. Это прежде всего микроРНК, транскрипционные факторы, белки (рецепторы, протеинкиназы, фосфатазы и убиквитин лигазы).
Все взаимодействия в базе валидированные, что позволяет снизить риск неправильной интерпретации данных, как это часто происходит при использовании данных полученных высокопроизводительными методами (microarray, chip-chip, chip-seq, pSILAC, и др.)
Каждый ген в базе имеет GO ассоциации с процессами и функциями.

Для более детального понимания молекулярного патогенеза различных заболеваний в базе существует уникальная онтология ассоциаций между взаимодействующим партнерами биомолекул и клеточными, тканевыми процессами, вовлеченными в патологию – влияние на патогенетические процессы. Это дает возможность более детально рассмотреть ключевые процессы участвующие в патогенезе с привязкой их к взаимодействиям, что в итоге приводит болезнь-специфическим генным сетям. Такие ассоциации имеют важное прогностическое значение для анализа данных от пациентов, позволяя выделять ведущие молекулярные патогенетические процессы (пролиферация, антиапотоз, инвазия, миграция, метастазирование, устойчивость к химиотерапии и др.), раскрывая ассоциации между генами, их взаимодействиями и патологическими процессами.

В базе знаний кроме генов имеющих ассоциацию с болезнями, присутствуют ассоциации взаимодействий с болезнями. Известно, что множество генов могут ассоциироваться с большим числом заболеваний, особенно это характерно для онкологических заболеваний. РНК или белки могут взаимодействовать с большим числом биомолекул образуя интерактом.

Но при каждой конкретной патологии эти биомолекулы взаимодействуют с ограниченным кругом партнеров, определяя болезнь-специфический интерактом.

Внесенные взаимодейстия имеют ассоциации с болезнями, позволяя легче построить болезнь-специфические генные сети.

База знаний позволят легко найти необходимые гены и взаимодействия между ними. В базе знаний предусмотрена возможность визуализации взаимодействий и построение генных сетей. Для этого используются несколько алгоритмов, включая прямые взаимодействия, кратчайшее расстояние межу искомыми генами, микроРНК регуляция, траснкрипционная регуляция. На данный момент, основной инструмент визуализации генных сетей вынесен в отдельный ресурс – MirOB (http://mirob.interactome.ru).

Благодаря использования этих возможностей визуализации данная база может рассматриваться как инструмент для анализа большого количества данных, позволяя находить связи между искомыми объектами, ассоциациями с болезнями, влиянием на патогенетические процессы, что в итоге может служить платформой для создания инструментов в персонифицированной медицине.

METAVERSE -- база знаний по молекулярно-генетичесчким взаимодействиям и генным сетям Drupal theme by Kiwi Themes.